Заочно нельзя сказать что лучше, чтобы он был на похоронах или не был, это зависит от многих конкретных обстоятельств.
В целом, конечно, важно, чтобы ребенок понял, что отец не покинул его, попросту уехав и забыв, а умер, возможно, с мыслью о нем, своем сыне, о том, чтобы его жизнь сложилась лучше, чем у его отца.
Вы правильно расставили акценты - его отец для него самый лучший, такой, какой и нужен, а ваши отношения касаются лишь вас - супругов, уже бывших.
Лучше, конечно, чтобы эту весть он услышал от Вас, Вы знаете его и Ваше материнское сердце подскажет как поддержать его - крепко сжать в объятьях, помолчать или поплакать или оставить побыть одного (хотя и под Вашим присмотром). Разница в ваших отношениях к покойному может осложнить переживание горя мальчику, поэтому нелишним будет обращение к детскому психологу, знакомому с психологией горевания в связи с утратой близкого человека.
Если это возможно, первое время лучше побыть дома, под Вашим присмотром.
Если напишите на мой эл. адрес (см. ссылку) свой адрес, я вышлю Вам психологические работы, благодаря которым можно лучше понять переживания, связанные с утратой.