Постарайтесь выяснить, действительно ли дело в проекте. Странно, что кто-то так расстраивается из-за какой-то компьютерной программы. Если дело действительно в проекте, то сосредоточьтесь лучше не на его технической реализации (в смысле не сидите по ночам за компьютером), а на выяснении того, что хочет от этого проекта Ваш начальник.
Может быть Вы взяли на себя черезчур много инициативы, и Ваш начальник чувствует, что проект идет не туда, куда он хочет. Нет смысла прятаться за какие-то там подписанные бумажки. Иногда мы имеем свое предстваление о том, как нужно выполнить проект, но если Вы хотите успешно довести его до конца, то придется выяснить все-таки потребности клиента, или в Вашем случае начальника, и сделать так, как хочет он.
Может быть дело и вообще не в проекте, может быть его не устраивает что-то в ваших с ним профессиональных взаимоотношениях. Но он почему-то не хочет высказаться прямо, или сам не поймет, в чем дело. Вы можете улучшить с ним взаимоотношения, если сосредоточитесь на том, чтобы выловить крупицы смысла из его высказываний. Всякие нелепости, вроде "Тебе наплевать на фирму" или "Зачем я это подписал" спокойно пропустите мимо ушей. Просто выясните, что он хочет. И обязательно уточните у него, правильно ли Вы поняли. Если он говорит: "Все в проекте плохо", выясните, действительно ли абсолютно все плохо, и следует все это выкинуть, и начать весь проект с нуля. Если Вы чувствуете, что понимаете, чего он хочет, уточните: "Вы хотите, чтобы было сделано таким-то и таким-то образом? "