Вы должны думать не о том, на что Ваша напарница "обидится/не обидится", а о том, как лучше сделать свою работу. Если Вы уверены, что об ошибке надо сообщить начальству и сообщение пойдет на пользу дела, то идите "на ковер" одна со всеми документами и вариантами исправления ошибки. Поставьте Лену перед фактом, и если она не захочет принять участие в обсуждении - это ее проблемы. Терять Вам нечего, потому что если недостача обнаружится, то именно Вы станете "козлом отпущения", а Лена найдет способ выкрутиться.